El Valle de Egüés cuenta con varias zonas en su territorio que tienen un gran valor paisajístico y natural. El valle entremezcla las zonas puramente urbanas con pequeños núcleos rurales que le dan una singularidad especial.

La parte norte del valle presenta dos espacios naturales declarados Paisajes Protegidos, Elía y Egulbati. Se trata de espacios que antaño estuvieron caracterizados por el uso agrícola que hoy en día ha desaparecido. El medio natural ha ido conquistando los antiguos campos y las regatas, conformando en la actualidad una sucesión de bosque de pino silvestre, pequeños rodales de robles y carrascas que van avanzando lentamente en estas zonas, un bosque de ribera en expansión en las regatas y un entramado de praderas naturales.

Un mosaico de hábitats en Elía y Egulbati que dan un valor natural y recreativo muy importante cerca de los grandes núcleos urbanos de la Comarca de Pamplona.  Espacios que están conectados con las masas forestales del norte, como Esteribar, Lizoain-Arriasgoiti, llegando hasta Erro y las masas forestales del norte de Navarra, con lo que encontramos gran variedad de fauna en estos bosques cercanos a Pamplona. En estas zonas solo pervive una ganadería extensiva que mantiene la diversidad de hábitats de estos enclaves.

La parte sur del valle, eminentemente agrícola, difiere de la otra parte. Aquí domina la llanura cerealística y uno de los enclaves húmedos de Navarra que está cogiendo un gran valor para las aves acuáticas y aves en etapa de emigración, la balsa de Escoriz-Zolina. De carácter salino y compartida en el territorio con el Valle de Aranguren, actúa en algunos casos como punto de descanso de aves en dispersión y como zona reproductiva para otras muy singulares.

Las dos zonas del valle están conectadas a través de los bosques de ribera de las regatas y pequeñas masas forestales como las de Malkaiz y Tangorri.

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PAISAJE PROTEGIDO DE ELÍA

Espacio natural que engloba todo el término del Concejo, con mosaico de hábitats de gran interés, principalmente forestal, incluido un núcleo urbano rural bien conservado.

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PAISAJE PROTEGIDO DE EGULBATI

Antiguo Señorío adquirido por el Ayuntamiento del Valle de Egüés, con una variedad singular de hábitats y espacios abiertos.

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BALSA DE ESCORIZ-ZOLINA

Ubicada en el término de Badostain es una balsa de carácter salino y de gran importancia para aves acuáticas y migratorias.