Elizaren jatorria XIII. mendean kokatzen bada ere, Badostaingo San Migueleko aintzinako eraikuntzatik oso aztarna gutxi gorde izan dira.
Barroko garaian, tenplua goitik behera birmoldatu zuten, estalkia aldatzeko egin zituzten lanen karietara.

Eraikinaren oina lau tartetan banatzen da, honi burualde eta gurutzaduraren parean aurkitzen diren alboetako kaperak gehitu behar zaizkiolarik. Barrualdea murruetan irekitzen diren bao ugariek argiztatzen dute: burualdean bi kofadura, oinaren zonaldean luneta handi bat eta aldeetako kaperetan bi lehio.

Kanpoaldea nahikoa desitxuratuta ageri zaigu, dela alboetan altxatzen diren eraikuntzengatik, dela barroko garaian burututako berritze lanetan erabili zuten adreiluarengatik. Izan ere, alde handia dago sakristiako eta kaperetako silarri erregular eta adreiluaren artean. Dorreak burualdearen gainetik egiten du gora. Ziurrenik, dorrearen handitze lanek (material ezberdinen erabilerak ematen digu horren berri) estalkiaren birmoldaketa barrokoa ekarri zuten. Eraikuntza erromanikotik gorde izan den elementu bakarra atea da, hiru arkiboldun erdi-puntuko arkua agertzen duena.

San Miguelen omenez, Miguel de Espinal eskultoreak XVI. mendeko bigarren erdialdean erretaula nagusia zizelkatu zuen. Tamaina handikoa da eta bere egiturak hiru kale eta tarteko kale bi agertzen ditu, santu ezberdinen estatuekin apaindutakoak. Irudien artean San Miguelena gailentzen da, ederra izateaz gain konposaketa oso dinamikoa baitauka. Erdiko nabearen alde bietara altxatzen diren beste bi erretaulek Andre Mariarenganako debozioan sakontzen dute, biak Inmakulada eta Arrosarioaren Ama Birjinari eskainitakoak baitira.